Vào ngày 5 tháng 3 năm 2020, Theodore Roosevelt, cùng với tàu tuần dương USS Bunker Hill, đã đến Đà Nẵng, Việt Nam, trong chuyến thăm cảng năm ngày kỷ niệm 25 năm quan hệ Hoa Kỳ–Việt Nam.

Nhiễm covid-19

Vào ngày 24 tháng 3 năm 2020, trong đại dịch coronavirus năm 2020, ba thủy thủ trên tàu được triển khai đã xét nghiệm dương tính với COVID-19, một bệnh coronavirus được xác định là nguyên nhân gây ra dịch bệnh hô hấp. Chỉ trong vài ngày, con số đó đã tăng lên hàng chục. Theodore Roosevelt được báo cáo là tàu đầu tiên trong Hải quân Hoa Kỳ có ổ dịch COVID-19 khi đang ở trên biển; Theodore Roosevelt đã cập cảng tại đảo Guam vào ngày 27 tháng 3 năm 2020. Đến ngày 31 tháng 3, số thủy thủ bị nhiễm bệnh là hơn 100, và thuyền trưởng, Brett Crozier, đã cầu xin sự giúp đỡ của Hải quân, gửi e-mail đến mười người hâm mộ và thuyền trưởng của Hạm đội Thái Bình Dương, bao gồm cả cấp trên của anh ta, chỉ huy của Carrier Strike Group -9, và chỉ huy Hạm đội Thái Bình Dương, yêu cầu tàu của anh ta được sơ tán. Hải quân Hoa Kỳ đã ra lệnh cho tàu sân bay di tản với 400 nhân sự chủ chốt vẫn ở trên tàu để duy trì lò phản ứng hạt nhân, thiết bị chữa cháy và tàu điện của tàu. Vào ngày 2 tháng 4, Bộ trưởng Hải quân Thomas Modly đã cách chức Crozier vì đã gửi yêu cầu hỗ trợ qua email không an toàn tới truyền thông. Một số thành viên của Ủy ban Dịch vụ Vũ trang Hạ viện đã chỉ trích quyết định này, nói rằng "việc sa thải Thuyền trưởng Crozier vào thời điểm quan trọng này, khi các thủy thủ trên tàu USS Theodore Roosevelt phải đối mặt với đại dịch COVID-19, là một hành động chính trị liều lĩnh. " Thuyền trưởng Carlos A. Sardiello đảm nhận chức vụ chỉ huy tạm thời của Theodore Roosevelt; nhiệm vụ thứ hai của ông phục vụ như là thuyền trưởng của tàu. Sau khi yêu cầu của Quốc hội rằng ông này phải bị cách chức, Modly đã từ chức vào ngày 7 tháng 4. Tính đến Chủ nhật Phục sinh, 585 thành viên phi hành đoàn đã xét nghiệm có kết quả dương tính. Một ngày sau, người đầu tiên trong số họ chết.